造成真空性能不良的原因很多，主要有五个方面：真空系统泄漏量过大：真空泵组性能变差：冷阱制冷能力下降：冷阱化冰不彻底，冷阱、冻干箱排水不干净：升华加热量过大。
前二者一方面使冻干箱内不凝性气体增多，增大了箱内全压。
另一方面由于冷阱的冷凝表面上不凝性气体增多，阻碑了水蒸气在凝结表面凝结，又进一步提高了冷阱和冻干箱的压力，使真空度进一步下降。
冷阱制冷能力下降，迫使制冷机的蒸发温度上升以提高制冷量，因而冷阱和冻干箱的压力也随之上升，即真空度下降。
冷阱化冰不彻底，再次凝华时，冰层厚度增加，传热温差增大。
冰表面的温度和与之相对应的水蒸气饱和温度亦增高，真空度降低。冷阱、冻干箱排水不彻底，预冻时这些水被冻结，升华时，这些被冻结的冰会升华，增大了冷阱的凝华热负荷，一方面因热负荷大，制冷机蒸发温度会上升，另一方面由于热负荷增大，其凝华的传热温差也增大了，这样都使冰表面的温度和相应的饱和水蒸气分压力提高了，降低了真空度。
升华加热量过大，会使升华的水蒸气过多，拎阱的凝华热负荷过大，同样也会降低真空度。
运转中如遇真空性能不良，则可按下述方法处理。如果找到原因，且能在运转中处理，当然应及时处理；若当时无法判定原因或哲时还无法处理，则只有减少升华加热量，降低升华速率，维持低速升华，待该批产品出箱后，再行分析和处理。
停产后，首先关闭泵阱阀，启动真空泵组测量其极限真空度，若极限真空度低于设备应达到的极限真空度，则可能是真空泵组性能变差。
若制冷系统和真空泵运转均正常，而冷阱的温度比在冷阱压力下的水蒸气饱和温度低许多，且制冷机的蒸发温度又不上升，则可能是真空系统漏空气量太大。
若冷阱压力比冷阱温度所对应的水蒸气饱和压力高得多，而制冷系统的蒸发温度比平时高，制冷机的运行又属正常，则可能是加热量过大，或冷阱化冰不彻底或冻干箱排水不彻底。这时应先将冷阱彻底化冰，冻干箱彻底排水，排除该因素的影响，再判定是否加热量过大。
