批次式冻干机与连续型冻干机的设计和操作有如下一些不同之处。
①连续式冻干机的托盘是一盘一盘地送人冻干箱（仑）的，而批次式冻干机则是用吊笼（或小车）一次就将干燥室装满。因此前者的冻结设备可不设储藏间，包装间也可不设暂存间，而后者应设储藏间以均衡冻结库的负荷，包装间亦应设暂存间以均衡包装间的负荷。
②在冻干过程中，连续式的托盘是从入口缓慢移动引到出
口，而批次式的托盘始终是不动的。因此为了满足冻干曲线的要求，连续式的加热板温度是按冻干过程要求的温度布置的，在干燥室中的不同位置的加热板有不同的温度。而批次式的加热板在同一时刻所有加热板温度是相同的，但在冻干全过程中的各时刻加热板的温度是不相同的。
③为了均衡全厂后处理和预冻工序的工作负荷，一般批次式冻干厂应采用两个以上干燥舱错开生产，这样可以提高设备利用率和生产效率。
