冻结间与冷藏间自控回路不同，它除了降温和应维持恒定的库房温度外，还要保证食品所必需的冷加工时间，融霜及输送机构的自动控制。另外，冻结间或冻结装置的种类很多，工艺流程也各不相同，现以吊轨型冻结间为例叙述冻结间的自动控制。
按照冻结间的工艺流程，一般可分为五个阶段：空库降温(或空库保温）、进货、冻结、出货和融霜。
1.冻结间温度的要求
①空库保温：对某一时期内停止使用的冻结间须处于一定的负温。一般保持在-5℃以下，以防止构筑物因冻融循环而引起的破坏，空库保温一般由设在机房的遥测温度计显示室温，使用按钮操作使系统投入或停止运行，同时也受温度调节器的控制。
②空库降温：进货前，先将冻结间内温度降低到一定的负值，一般采用-10~-15℃。它有两个作用，一个是防止热货进入后使构筑物表面温度升高至0℃以上，产生冻融循环；另一个是使热货尽快降温。空库降温一般由装在冻结间内的温度调节器控制，在空库或进货情况下，当库温回升至上限值时，温度调节器动作。使供液和回汽电磁主阀开启，系统投入运行。
③冻结时间：当进货完毕，系统自动进入冻结过程，时间继电器动作，冻结制冷系统按调定的冻结时间开始工作，在冻结过程中如因停电、停机等时间均不计在内，当累计冻结时间达到预定值(一般一次冻结的累计时间定为20h，可根据货物实际的冻结时间进行调整)，又库温降至下限值，机房控制屏出现“冻结完成”信号，供液电磁主阀关闭，风机停止运转，延时几分钟，回汽电磁主阀关闭，制冷系统停止运行。所以，制冷系统投入运行是受库房温度的控制，而制冷系统停止运行则受库温和冻结时间两者的控制，这样可避免在冻结过程中出现库温已降至下限值，而食品还未冻透，制冷系统已停止运行的现象。
2.冻结间自控设计中采用的几和回路
在蒸发温度较低的冻结自控回路中，选用合适的主阀，以降低管道压力损失，显得更重要，如ZCL-00QB气体常闭型电磁主阀，全开时压力损失为14kPa，而这14kPa的压力损失所对应的温度差值在低蒸发温度下要比高蒸发温度时大得多。例如对氨，当蒸发温度t.=-40℃时，14kPa的压力损失对应的温度差值为4℃左右；而当t=-10℃时，对应的温度差值只有1℃，为了降低压力损失，在冻结间回汽管道上选用压力损失很微小的ZCLT-00QB气体常闭型双电磁主阀或ZCL-00QK气体常开型电磁主阀。
融霜采用热氨和水相结合的方法：热氨管道上装有ZCHD-00QB气体常闭型电磁恒压主阀，以控制出口端压力不超过0.6MPa，排液管道上装有ZCL-00YB液体常闭型电磁主阀。为了防止融霜时供液电磁主阀背压开启，因此在ZCL-00YB供液电磁主阀后应设置ZZRN-00Y止逆阀。供水管上装有ZCS-00W型水电磁阀，阀后接有放水管，以防阀后水管冻裂，放水管还装有水流继电器，以检验水泵或电磁水阀是否开启及上水管是否有水。
为了简化融霜自控系统，冻结间融霜当水温高于+20℃时，可采用水单独自动融霜，为了排除蒸发器内油及外面霜层，每星期用热氨手动融霜1~2次。由于供液和回汽主阀是关闭的，为了防止水融霜时蒸发器内压力超过预定值，则可在排液管道上或回汽管道上装设PF32型自动旁通阀，当压力超过预定值时，液体或汽体通过自动旁通阀排至低压循环贮液桶内以降压。
冻结间自控回路形式与图中类似，不同点在于回汽管道上一般不采用常闭型电磁主阀，而改用双电磁主阀或常开型电磁主阀，以免在回汽管上引起过大的温度降。
为了使自控系统更简单，国内小型冷库更多采用供液自控，回汽不自控的方案。
另外，在小型冷库中，为了简化系统，一般将冻结间与冻藏间合为一个蒸发温度回路。这样，当冻结间大量进货时，蒸发压力将会升高，回汽压力相应升高。冻结间的回汽可能倒窜至冻藏间蒸发器中，影响冻藏间温度的稳定性，即可能因反压差使冻藏间回汽主阀强行开启。若冻藏间回汽不用自动阀门，更会使冻结间“倒窜”来的回汽长驱直入。克服这个弊病较常用的方法是在冻藏间回汽管上装设ZZRN-00Q气用止回阀，当阀后压力大于阀前压力约8kPa时，止回阀自动关闭，待阀后压力降至低于阀前压力8kPa时，止回阀又开启，如图所示。
