在中央空调系统不供冷或不供暖的情况下，不论是其冷却水系统还是用户侧水系统，也不论是清洗单台设备还是清洗全系统，在一个闭合回路中，化学清洗一般按下列程序进行：
水冲洗→杀菌灭藻清洗→碱洗→水冲洗→酸洗→水冲洗→中和纯化（或预膜）
（1）水冲洗
水冲洗的目的是尽可能冲洗掉回路中的灰尘、泥沙、脱落的藻类以及腐蚀产物等一些疏松的污垢。冲洗时水的流速以大于0.15m/s为宜，必要时可作正反向切换冲洗。冲洗合格后，排尽回路中的冲洗水。
（2）杀菌灭藻清洗
杀菌灭藻清洗的目的是杀灭回路中的微生物，并使设备和管道表面附着的生物粘泥剥离脱落。在排尽冲洗水后重新将回路注满水，并加入适当的杀生剂，然后开泵循环清洗。在清洗过程中，必须定时测定水的浊度变化，以掌握清洗效果。一般浊度是随着清洗时间的延长逐渐升高的，到最大值后，回路中的浊度即趋于不变，此时就可以结束清洗，排除清洗水。
（3）碱洗
碱洗的主要目的是去除回路中的油污，以保证酸洗均匀（一般是在回路中有油污时才需要进行碱洗）。在重新注满水的回路中加入适量的碱洗剂，并开泵循环清洗，当回路中的碱度和油含量基本趋于不变时即可结束碱洗，排尽碱洗水。
（4）碱洗后的水冲洗
碱洗后的水冲洗是为了去除回路中残留的碱洗液，并将部分杂质带出回路。在冲洗过程中要经常测试排出的冲洗水的PH值和浊度，当排出水呈中性或微碱性，且浊度降低到一定标准时，水冲洗即可结束。
（5）酸洗
酸洗的目的是去除水垢和腐蚀产物。在回路充满水后，将酸洗剂加入回路中，然后开泵循环清洗。在可能的情况下，应切换清洗液的循环流动方向。
清洗过程中，定期（一般每半小时一次）测试酸洗液中酸的浓度、金属离子（F2+、 Fe3+、Cu+）的浓度、PH值等，当金属离子浓度趋于不变时即为酸洗终点，排尽酸洗液。
（6）酸洗后的水冲洗
此次水冲洗是为了去除回路中残留的酸洗液和脱落的固体颗粒。方法是用大量的水对回路进行开路冲洗，在冲洗过程中，每隔十分钟测试一次排出的冲洗液的PH值，当接近中性时停止冲洗。
（7）中和钝化（或预膜）
金属设备或管道经过酸洗后，其金属表面处于十分活泼的活性状态，很容易重新与氧结合而被氧化生锈。因此，设备或管道在清洗后暂时不使用时，就需要进行钝化处理，然后加以封存。
钝化即金属经阳极氧化或化学方法（如强氧化剂反应）处理后，由活泼态转变为不活泼态（钝态）的过程。钝化后的金属由于表面形成紧密的氧化物保护薄膜，因而不易腐蚀。常用的钝化剂有磷酸氢二钠（Na₂HPO₄）和磷酸二氢钠（NaH₂PO₄），在90℃下钝化1h即可。此外，钝化剂的配方还有以下几种：
①H₃PO₄-1%，ZnSO₄一1%，Na₂SiO₃-2%，NaNO₂-0.4%；
②H₃PO₄一0.5%，ZnSO₄一0.5%，Na₂SiO₃—0.5%，NaN0₂-0.4%；
③尿素一20%，亚硝酸钠一20%，苯甲酸钠一4%。
如果设备或管道清洗后马上就投入使用，则酸洗后可直接预膜而不需要进行钝化。
