在有些情况下，中央空调系统需要清洗但又不能停止供冷或供暖，此时就要采用不停机的化学清洗方法。为了避免在清洗时出现短路现象，清洗过程中要根据系统不同部位的情况分别单独开启或关闭，以保证中央空调系统任何部位都能得到充分的清洗而无死角。
对于冷却水系统，通常利用冷却塔的集水盘（槽）作为配液容器。将各种清洗药剂直接加入冷却塔的集水盘（槽）中，通过冷却水的循环流动，将清洗药剂带到系统各处产生清洗作用。
对于冷冻水系统，则利用膨胀水箱或外接配液槽来加入清洗药剂。当使用膨胀水箱加药时，要在加药后，从系统的排污口排除一些冷冻水，使膨胀水箱的药剂能吸人系统中。当使用外接配液槽时，配液槽与系统的连接管要接在冷冻水泵的吸入口段。在清洗药剂吸入系统后，药剂会随冷冻水循环流到系统各处，同时产生清洗作用。
由于不停机清洗不存在清洗后系统不使用的问题，因此在清洗后也就不需要钝化而只需要预膜。此外，一般在使用的中央空调循环水系统中，油污存在的可能性不大，因而也不需要进行碱洗处理。此时，中央空调循环水系统不停机化学清洗的程序为：
杀菌灭藻清洗→酸洗→中和→预膜
1）杀菌灭藻清洗
杀菌灭藻清洗的目的、要求同停机清洗，只是在清洗结束后不一定要排水，当系统中的水比较浑浊时，可从系统的排污口排放部分水，并同时由冷却塔或膨胀水箱将新鲜水补足以达到使浊度降低即稀释的目的。
（2）酸洗
酸洗的目的、要求与停机清洗基本相同，所不同的是：在酸洗前要先向系统中加入适量的缓蚀剂，待缓蚀剂在系统中循环均匀后再加入酸洗剂。一般不停机酸洗要在低PH值下进行，通常维护pH值在2.5~3.5之间。
在酸洗过程中，可以加人一些表面活性剂，如多聚磷酸盐等来促进酸洗效果。
酸洗后应向系统中补加新鲜水，同时从排污口排放酸洗废液，以降低系统中水的浊度和铁离子浓度。然后加入少量的碳酸钠中和残余的酸，为下一步的预膜打好基础。
（3）预膜
预膜完后将高浓度的预膜水仍用边补水边排水的方式稀释，控制稀释到总磷值为10mg/L左右即可。
