冷藏集装箱按运输方式可以分为铁路、公路、海运及航空冷藏集装箱等；按制冷方式可以分为保温、机械制冷、外加冷源冷藏集装箱等。
（1）保温集装箱。这种集装箱箱体具有良好的隔热性能，无任何制冷装置，不能临时进行补冷，适用于短途运输。
（2）外置式保温集装箱。这种集装箱箱内也无任何制冷装置，隔热性能很强，箱的一端有软管连接器，可与船上或陆上供冷站的制冷装置连接，使冷气在集装箱内循环，实现制冷效果，一般能保持-25℃的冷藏温度。这种集装箱集中供冷，箱体容积利用率高，自重轻，使用时机械故障少。但是它必须由设有专门制冷装置的船舶装运，使用时箱内温度不能单独调节。
（3）内藏式冷藏集装箱。这是一种配有制冷装置的保温箱，通过制冷装置提供冷源，制冷机组安装在箱体的一端，冷风通过风机从一端送入箱内。如果箱体过长，则采用两端同时送风的方式，以保证箱内温度均匀。为了加强换热，可采用下送上回的冷风循环方式。
（4）液氮和干冰冷藏集装箱。这种集装箱利用液氮或干冰制冷，以维持箱体内的低温，这与前述的制冷方式相似。
