冷藏集装箱内部的货物堆装方式，对冷藏集装箱内部气流组织的影响较大。
由于气流总是向流动阻力最小处流动，因此要保证冷藏集装箱内部良好的气流组织分布，必须做到：①在任何情况下冷藏箱内部的货物装载高度不能超过最高货物装载线，以确保冷藏箱内部有足够的回风通道，使气流能顺利返回到制冷装置。
②在任何情况下不能有直接裸露的T形风轨，必须使冷藏箱整个底部处于被货物或其他遮盖物覆盖的状态。在货物装截量不足时，在未被货物包装箱覆盖区域，必须用硬板纸等将底部全部覆盖住，使送入冷藏箱底部T形风轨的冷风只能从货物装载区向上流动，并从货物内部或表面吹过，带走热量，形成良好的箱内流量循环，下送风式冷藏集装箱气流组织如图5-11所示。
由于果蔬等货物在运送过程中存在着呼吸现象，一般多用有透气孔的包装箱装载。因此，在装载果蔬类冷藏货物时，应注意使上下箱的透气孔对齐，从而使冷却空气能从对齐的透气孔穿过而带走货物所释放的热量。对在运送过程中不产生热量的冷冻货物，一般用密封的包装箱包装，由底部T形风轨送入的冷风，仅仅从冷冻货物的外部吹过，带走通过箱壁传入的热量，保证货物处于低温状态。
