冷库的鼠害不仅会造成巨大的经济损失，而且还会咬食肉品，污染食品，传播疫病，破坏冷库的隔热结构，损坏建筑设施。由于被老鼠咬破电线而引起冷库火灾的报道也时有耳闻。故应经常检查，发现鼠害立即采取灭鼠措施。
鼠类一般是通过周围环境潜入冷库，有时与食品一同进人，因此应设法使冷库周围地区没有老鼠。在接收物品时，应仔细检查，特别是带有外包装的食品，更应仔细检查，以免把鼠类带进冷库内。
目前，冷库内常用的灭鼠方法有器械捕鼠、化学药物灭鼠和二氧化碳气体灭鼠。一般采用机械捕鼠器来捕捉冷库内的老鼠，但效果不太理想。化学药物灭鼠，因药物有毒，使用时应特别谨慎。最理想的是用二氧化碳来灭鼠，不但无毒，而且效果显著。
（1）器械捕鼠 用鼠夹或用电子捕鼠仪。有一种电子捕鼠器，用电压为220V的电源，有三根输出电线，经电子设备可控制产生1500V电压，三根单线各能延长1km，分别安置三个方向（室内或室外），可以同时捕鼠，老鼠接触即毙，同时发出命中信号，命中率为100%。
（2）化学药物灭鼠 效果较好的是敌鼠钠盐灭鼠。敌鼠钠盐的配方是先将药物用开水溶化成5%溶液，然后按0.025%~0.05%浓度与食饵混匀即成。此外，国外还介绍一种广谱灭鼠剂“Vacor”，即使老鼠少量吃进后，也会在8h内死亡，而其他动物、鸟类误食后却无毒。
尽管如此，药物灭鼠只是辅助手段，仍以适宜的建筑最为有效。国外已广泛应用微生物制剂进行灭鼠，但主要用于牧场、农田、温室、住宅、仓库、货场、禾垛、草垛、菜园、果园等场所，目前尚无安全用于食品冷库的报道。
（3）二氧化碳气体灭鼠 因二氧化碳气体无毒，在使用时不用搬开食品，但对操作人员有室息作用，因此操作时工作人员要戴上氧气呼吸器。二氧化碳气体灭鼠，不但无毒，而且效果显著。做法是：1m的库房空间用浓度25%的二氧化碳气体0.7kg，或用浓度35%的二氧化碳气体0.5kg，紧闭库门24h即可达到彻底灭鼠的目的。同时二氧化碳气体也具有灭菌的性能，对于好氧菌有抑制作用，且库内温度和食品的堆放皆不需要改变，省时省力。
