鲜蛋的冷藏是在已经冷却的基础上开始的。在高温库中冷藏鲜蛋已积累了比较丰富的经验，概括起来主要有三句话：库房要消毒，按质专室存；管理责任明，装卸四个轻：堆垛要留缝，日夜不停风。
1. 库房要消毒，按质专室存
鲜蛋是鲜活商品，它需要新鲜空气，因此在鲜蛋旺季到来之前，对高温库要进行全面消毒。每到淡季对库房进行全面清扫，用漂白粉或石灰消毒，对冷库垫木等用具进行清洗（用热肥皂水）、消毒、晒干，彻底消灭霉菌。冷藏室打干风换新鲜空气。
鲜蛋进库冷藏前要把库内温度降至-1~0℃，相对湿度在80%~85%，这样有利于保持鲜蛋的质量。
按质专室存，是指高质量的同类食品应用专门冷藏室贮存。如每年三四月份的鲜蛋质量较好（一、二类蛋），就应划定专门冷藏室，贮满为止，不再进出，保持温度、湿度的稳定，有利于贮存期的延长。这类鲜蛋贮存八个月后，一般变质率仅4%~5%，而非专室贮存的鲜蛋六个月后变质率达7.4%。专室贮藏鲜蛋既有利于保证质量，又有利于其他商品的贮存。
2. 管理责任明，装卸四个轻
冷藏室要有专职管理人员，仓管员对冷库性能要心中有数。贮藏时，鲜蛋不应和其他有异味的食品如葱、蒜、鱼类、汽油等一起堆放。鲜蛋与苹果可以并仓贮存，因为苹果含水分较少；而橘子、梨因为含水分多，就不能与鲜蛋并仓，以免鲜蛋湿度高而生霉变质。装卸时要做到四个轻，即做到轻拿、轻放、轻装、轻卸。
3. 堆垛要留缝，日夜不停风
鲜蛋在堆装时每隔几箱要留一条缝，堆垛与堆垛之间留一点距离，能够顺利通风，以保证鲜蛋质量。
鲜蛋在冷藏期间，冷藏温度以低于0℃为好，这样有利于保持蛋的品质。但如果温度过低会使蛋内容物冻结而膨胀，使蛋壳冻裂而损伤。多年来的试验证明，主要可采用两种贮存鲜蛋的温度及湿度：第一种，温度0~1.5℃，相对湿度80%~85%，冷藏期为4~6个月：第二种，温度为-1.5~2.5℃，相对湿度为85%~90%，冷藏期为6~8个月。在鲜蛋冷藏期间，库温波动在24h内不超过±0.5℃。冷藏间温度高，打冷风：温度低，打干风，保持24h不停风。在整个冷藏过程中，每昼夜应不少于两次检查库内温度、湿度变化情况。同时应注意要及时换入新鲜的空气，排除污浊的气体。新鲜空气的换入量一般是每昼夜2~4个库室的容积。
