1. 货架期短
冷却肉虽处于低温控制下（0~4℃），但肉上仍有一些细菌，低温仅使这些细菌的生长繁殖受到抑制，如果在运输、贮藏、销售过程中温度控制不当，这些细菌就会大量生长和繁殖，最终导致冷却肉发生腐败变质。货架期短的问题一直是限制冷却肉大量推广和普及的最重要问题之一。目前最有效的方法是加强从原料（家畜）到屠宰、分割等整个加工过程中的卫生管理，并结合先进的屠宰加工工艺，尽量降低肉体上的细菌数，同时运用合理的包装，并严格控制运输、销售过程中的温度，这样可使冷却肉的货架期达到15天以上。
2. 表面褐变
冷却肉的表面褐变是冷却肉在销售过程中常出现的一种情况。所谓褐变，是指冷却肉由原来的鲜红色变为褐色的过程。冷却肉在销售过程中可能会呈现出三种颜色，即鲜红色、暗红色和褐色。这三种颜色是肉中肌红蛋白与环境中的氧气之间发生的正常反应所致。虽然暗红色和褐色的肉，其内在质量和可食性在一定时间内并没有降低，但是，考虑到食品安全性，发生褐变的肉要及时下架处理。目前国外常通过气调包装或胴体到超市后再分割等措施来相对延长冷却肉的颜色稳定性。
3. 渗出物
肌肉组织中的渗出物损失是不可避免的。渗出物可积聚于真空包装袋内，易滋生大量的微生物且引起消费者对冷却肉感官上的不舒服，而目前尚没有彻底解决这一问题的方法。方便的运输条件及贮存期间保持最佳温度对减少渗出物的损失是非常必要的，另外可以通过往袋内添加吸水垫来缓和。
