1. 微生物与蔬菜的变质
由于新鲜蔬菜含有大量的水分，且其pH处于很多细菌的生长范围之内，因此，细菌是引起蔬菜腐败的常见微生物。由于蔬菜具有相对较高的氧化一还原电势及缺乏平衡能力，因而引起蔬菜腐败的细菌主要为需氧菌和兼性厌氧菌。
2. 微生物与水果的变质
由于水果的pH大多低于细菌生长的pH范围，因此，由细菌引起的水果腐败现象并不常见。水果的腐败主要是由酵母菌和霉菌引起的，特别是霉菌。为避免水果在贮藏过程中受到霉菌的污染，收获水果应在其合适的成熟季节并避免果实损伤：采摘用具必须卫生，霉变的果实应销毁：低温和高CO₂在水果贮运过程中有助于防止水果霉变。但对各种水果要区别对待，因为有些水果种类对低温和高CO₂较敏感。
3. 微生物与肉、禽类的变质
微生物引起肉类腐败现象主要有发黏、变色、长霉及产生异味等。发黏主要是由酵母菌、乳酸菌及一些革兰阴性细菌的生长繁殖所引起。肉类的变色现象有多种，如绿变、红变等，但以绿变为常见。绿变是由H₂O₂引起的，另外还可由H₂S引起。能使肉类产生变色的微生物还有产生红色的黏质沙雷杆菌，产生蓝色的深蓝色假单胞菌属，及产生白色、粉红色和灰色斑点的酵母菌等。长霉也是鲜肉及冷藏肉中常见的变质现象，例如，白分枝孢霉属和白地霉可产生白色霉斑腊叶枝霉可产生黑色斑点，草酸青霉可产生绿色霉斑等。通常都伴有各种异味的产生，如因乳酸菌和酵母菌作用而产生的酸味以及因蛋白质分解而产生的恶臭味等。
4. 微生物与蛋类的变质
带壳蛋类中常见的腐败微生物有假单胞菌属、小球菌属、沙门菌属等细菌，有毛霉属、青霉属、单胞枝霉属等霉菌，而圆酵母属则是蛋类中发现的唯一酵母菌。
污染蛋类的微生物首先使蛋白质分解，系带断裂，蛋黄因失去固定作用而移动：随后蛋黄膜被分解成为散黄蛋，发生早期变质现象：散黄蛋被腐败微生物进一步分解，产生H₂S、引哚等腐败分解产物，形成灰绿色的稀薄液并伴有恶臭，称为泻黄蛋，此时蛋即已完全腐败。有时腐败的蛋类并不产生H,S而产生酸臭，蛋液不呈绿色或黑色而呈红色，且呈浆状或形成凝块，这是由于微生物分解糖而产生的酸败现象，称为酸败蛋。当霉菌进入蛋内并在壳内壁和蛋白膜上生长繁殖时，会形成大小不同的霉斑，其上有蛋液黏着，称为黏壳蛋或霉蛋。
5. 微生物与鱼贝类的变质
污染鱼贝类的腐败微生物首先在鱼贝类体表及消化道等处生长繁殖，使其体表黏液及眼球变得浑浊，失去光泽，鳃部颜色变灰暗，表皮组织也因细菌的分解而变得疏松，使鱼鳞脱落。同时，消化道组织溃烂，细菌即扩散进入体腔壁并通过毛细血管进人肌肉组织内部，使整个鱼体组织分解，产生氨、H₂S、吲哚、粪臭素、硫醇等腐败特征产物。一般地，当细菌总数达到或超过10个/g时，从感官上即可判断鱼体已进入腐败期。
