包装材料按照避光，无毒，不产生化学反应，密封性能良好的要求，冻干食品的包装容器和材料有金属罐、玻璃瓶、塑料复合袋（梅拉-萨冉树脂一一聚乙烯，即MSP）、铝箔复合膜（即AFC）等。
金属罐密封性、避光性等均优，但较昂贵，适用于贵重的或长期储存制品的储存，玻璃瓶密封性也优，但重且透光，除速溶咖啡等还在使用外，现在很少被采用。
塑料复合袋价廉，易热封，但单层塑料薄膜有高的透气性和高的透光率，所以不宜单独使用，复合使用时密封性亦不如铝箔复合膜。
从价格、重量、避光和密封性等综合性能来看，较理想的包装材料还是铝箔复合袋和某些铝箔复合叠层。下列复合叠层可用于冻干食品的包装：铝箔十聚乙烯；玻璃纸+聚乙烯十铝箔十聚乙烯；纸+聚乙烯十铝箔十纸十聚乙烯；玻璃纸+聚乙烯十铝箔十纸十聚乙烯
