水产品运输可通过水、陆、空进行。运输方法包括传统密闭式运输法、无水湿法运输、干法运输和科技含量高的机组运输。此外，还有众多的辅助运输手段，如麻醉辅助运输等。
1. 传统的密闭式运输法
密封式运输所使用的工具通常是尼龙袋。运输方法是先往尼龙袋中注入约1/3袋的水，然后放入适量水产品，排出袋内的空气后，向袋内充氧，最后将袋口扎紧。但是当所运的鱼类是大口鲇、叉尾、云斑和鳜鱼等鳍条有硬刺的鱼类时，为了防止其将袋子刺破而影响运输结果，用橡胶皮充氧袋或用2~3层尼龙袋运输较安全。可将尼龙袋扎口后直接运输，也可以将尼龙袋放在盛有水的大容器内，在水中加冰，让塑料袋浮于水面。这样可以起到防震的作用，同时间接降低了水温，以降低鱼的新陈代谢强度，保持了袋内的良好水质。当采用尼龙袋运输时，途中要注意检查，是否有松口或者袋子被刺破的情况，要及时换袋和补充氧气。如果运输途中不方便携带氧气瓶，可以准备多只已充氧的备用尼龙袋。
2. 无水湿法运输
还有一些比较特殊的鱼，如鳗鱼、泥鳅、乌龟和黄鳝等，在运输中，它们并不一定要完全浸泡在水中，只需要保持皮肤的湿润即可存活，大大简化了运输过程。运输时采用水草裹住鱼体或对鱼体淋水等方法以维持一个潮湿的环境，避免水分的大量蒸发和表面干燥而影响呼吸，使鱼能借助皮肤呼吸作用生存一定时间。但要注意防止太阳直射。此种方法也可长距离（2~6天）运输，成活率达90%。
3. 干法运输
干法运输主要是指无水充氧包装和低温木屑包装运输。运输密度大，成本低，不需要进行水质管理。以日本对虾为例，包装运输时直接往袋中放5千克的活虾，摊平后充氧，然后封口放入泡沫箱中密封。木屑包装运输是将已经在-15℃冷冻间内冷冻48小时的木屑铺在箱底约1厘米，然后摊平放约1.7千克的虾，再放一层木屑，接着放3.3千克左右的虾，一般摆2~3层，再盖上木屑，然后在箱内侧封上冰袋，最后封箱。干法运输时，经过10~18小时，存活率高达90%。
4. 机组运输
长途且较大规模活鱼运输时，一般采用集装箱或者专门的汽车运输机组，具有自动化、易操作和运输量大等优点。运输装置一般由发电机组、照明装置、循环水泵、制氧机、过滤装置、杀菌装置和制冷机及活鱼仓组成，其中过滤和杀菌是两个重要环节。过滤主要是去除水体中一些固定颗粒物和氨氮，目前应用于过滤的材料也比较多。用于汽车运输机组中的过滤装置是：在腈纶棉粗滤和活性炭吸附除臭的基础上，再用膜式微孔过滤器精滤。活鱼船空间较大，在甲板面积条件许可的情况下，应使过滤面积足够大，过滤材料为细沙+活性炭+珊瑚石。日本颇受推广的过滤装置有两种：一种是以泡沫分离装置为主，生物过滤为补充的过滤器；另一种是碳化棉过滤器。有资料显示，沸石去除氨氮效果显著。在运输机组中，用于杀菌的方法主要有臭氧和紫外线杀菌法。
