经过二十几年的快速发展，中国的水产品行业已经形成了从养殖、捕捞到营销的一整套完整的产业链体系。其运作流程如下：根据市场的反馈信息，水产品养殖户或企业以及水产品捕捞企业生产出生鲜水产品，或经过水产品的初级加工或直接进入水产品专业市场，进而进入国际市场、零售、深加工等领域，其中餐饮业占有很大比重，再通过这些渠道最终到达消费者手中。整个过程中又涉及其他相关行业，如设备制造、商业服务业、贸易、流通领域、仓储业、饲料产业等，分别为水产品行业在生产、流通领域提供产品和服务。整个水产品的行政主管部门是农业部渔业局以及各地方渔政部门，其中水产品的检验是其重要职能之一；另外，根据国家政策对水产品行业实施宏观调控，落实产业规划也是渔政部门的主要工作。而自律性协会则对主管部门对水产品行业的管理起到了非常大的补充作用，而且纯粹民营，由渔农自发组织的民间渔业协会、商会如雨后春笋般涌现。这种民间协会与以往计划经济时期留下来的，或者是政府部门转变成的协会有很大不同，最大区别在于，它们是自己领导自己，自己管理自己。它们是纯粹市场经济的产物。通过协会，帮助渔农争取到更大范围的话语权。对于市场新产品、工艺、饲养等方面的开发则主要是科研部门的任务，这些科研部门主要分布在高等院校和国家、地方性研究所，同时，一些有实力的民营和国有企业也建立了相应的科研成果转化研究机构，如通威集团等。这些部门、实体综合作用，形成了水产品行业的产业链条，其中，水产品专业市场在整个行业中起着至关重要的作用。中国水产品行业还处于自由竞争阶段，市场集中度较低，产品同质化程度较高，因此，各水产品生产企业只能被动接受市场博弈的平均价格，而对产品价格的影响力较小。这使专业化市场在整个产业链中占据了主要的地位，成为水产品流通的主渠道。
