冷链物流的组织运营应该以三个方面为主要目标：服务快速及时、低成本和质量。
首先，物流作为第三产业，就是根据客户的需求来提供相应的服务，所以，物流运营要以客户为中心，树立“客户第一”的经营理念。在物流系统中，流通处理以及配送业务就是其服务性的表现，要保证快速及时将货物运送到目的地，这也是需要冷链物流运送的货物的特性所决定。在技术方面，近年来出现的准时供应方式（JT）、柔性供货方式等，降低了成本，保证了质量。
一、快速及时
及时性是服务性的延伸，既是用户的硬性要求，也是社会发展进步的必然趋势。随着社会大生产的发展和用户需求的增加，对物流快速、及时性的要求日益强烈。现在，在物流领域采用的直达运输、联合一贯运输、时间表系统等管理和技术，就是这一目标的体现。
二、低成本
由于流通过程中消耗大且又基本上不增加或不提高商品的使用价值，所以依靠节省来降低投资，是提高相对产出的重要手段。在物流领域中除了可以在流通时间上进行改善降低成本，还可以在物流领域推行集约化经营方式，提高物流能力，以实现降低物流成本的目标。
三、质量
质量是物流供应链运营管理中的核心目标，冷链物流与其他形式的物流最大的不同之处在于，在商品流通过程中必须将易腐、生鲜食品从产地收购、加工、储藏、运输、销售直到消费的各个环节都置于适当的低温环境中，以保证食品的质量，减少食品的损耗，防止食品的变质和污染。所以，质量是冷链物流运营中一个不可或缺的目标。
