搁板温度的控制生物医药冻干机均用电加热，利用控制电加热器的通断，可以方便地控制加热量和温度。一一般采用两种方式。
（1）阶梯式升温即将升温阶段分成若干区段，在每区段开始时接通加热器升温，当搁板（介质）温度达到该段设定值上限时，切断加热器，保温到该段时间结束，再转入下区段的升温。此种方式中每区段搁板的升温速率不进行控制，但因制品升温滞后于搁板的升温，因此制品的升温速率与预定的接近。
（2）跟踪式升温根据制品要求的升温速率，制定出搁板升温速率曲线，将实测的搁板升温速率与对应时刻要求的升温速率曲线相比较，确定加热器的通断时间比例，并不断修正这个比例使实际升温曲线跟踪要求的升温曲线，这种方式能较准确的进行过程控制。
