冷藏运输中所使用的集装箱种类比较多，按不同的分类方法，有不同的类型。
目前，根据制冷方式，冷藏集装箱基本可分为以下几种类型：①保温集装箱：此种集装箱箱体具有良好的隔热性能，但不带任何制冷装置，也不能临时进行添挂。②外置式保温集装箱：这种集装箱箱内无任何制冷装置，隔热性能很强，集装箱的一端有软管连接器，可与船上或陆上供冷站的制冷装置连接，使冷气在集装箱内循环，达到制冷效果，一般能保持-25℃的冷藏温度。该集装箱集中供冷，箱体容积利用率高，自重轻，使用时机械故障少。但是它必须由设有专门制冷装置的船舶装运，使用时箱内的温度不能单独调节。③内藏式冷藏集装箱：这种集装箱是一种配带制冷装置的保温箱，可自己供冷，制冷机组安装在箱体的一端，冷风通过风机从一端送入箱内。④液氮和干冰冷藏集装箱：此种集装箱利用液氮或干冰制冷，以维持箱体内的低温。
根据运输方式，可分为海运和陆运两种，二者的外形尺寸没有很大的差别，但陆上运输的特殊要求又使二者存在一些差异。①海运集装箱：海运集装箱的制冷机组用电是由船上统一供给的，不需要自备发电机组，因此机组构造比较简单、体积较小、造价也较低。但海运集装箱卸船后，因失去电源就得依靠码头上供电才能继续制冷，如转入铁路或公路运输时，就必须增设发电机组，国际上一般的做法是采用插入式发电机组。②陆运集装箱：陆运集装箱是20世纪80年代初在欧洲发展起来的，主要用于铁路、公路和内河航运船上，因此必须自备柴油或汽油发电机组，才能保证在运输途中制冷机组的用电。有的陆运集装箱采用制冷机组与冷藏汽车发电机组合一的机组，其优点是体积小、质量轻、价格低；缺点是柴油机必须始终保持运转，耗油量较大。
根据集装箱的温度可分为：①冷冻集装箱：冷冻集装箱一般在箱的前端设有内藏式冷冻装置，在冷冻机工作时，冷风从箱内后端的通风管吹出，通过箱壁上凸条间的空隙和箱底的通风导轨，经前端壁上的冷风吸入口，返回冷冻机进行循环。②保温集装箱：保温集装箱主要用于装载水果、蔬菜等鲜货，一般是用干冰等冷却剂，防止箱内温度过度上升，通常的保温时间为72小时左右。
根据集装箱的规格可分为：①20ft冷藏集装箱（20RF）：外部尺寸长6058mm×宽2438mm×高2438mm，内部尺寸长5477mm×宽2251mm×高2099mm，门宽2289mm×高2135mm，内容积25.9m³，箱重2520kg，载重17800kg，总重20320kg。②40ft冷藏集装箱（40RF）：外部尺寸长12116mm×宽2438mm×高2512mm，内部尺寸长12000mm×宽2173mm×高2251mm，门宽2289mm×高2209mm，内容积58.7m³，箱重4220kg，载重22360kg，总重26580kg。③40ft加高冷藏集装箱（40HCRF）：外部尺寸长12116mm×宽2438mm×高2638mm，内部尺寸长12000mm×宽2251mm×高2447mm，门宽2289mm×高2512mm，内容积66.1m，箱重4820kg，载重21560kg，总重26380kg。
