冷藏集装箱的散热量。每个冷藏集装箱的散热量会受许多因素影响，例如工作模式、箱内外温度、货物种类等。通常，冷藏集装箱的最大散热量都可以从生产厂家的技术说明中得出，其计算公式如下：
冷藏集装箱的散热量=制冷量+压缩机耗功
冷藏集装箱在货舱时的散热。当冷藏集装箱装载在船舶甲板下时，散热不会有任何问题。随着单船冷藏集装箱装载量的不断增加，必然有一定数量的冷藏集装箱装载在甲板下方的船舶货舱中，为保持冷藏集装箱的正常工作，其散热必须及时排出货舱。
目前，常用的货舱散热方式如下：
直接风冷式。采用直接风冷就是直接将周围环境空气用风机进行通风冷却。
水冷式冷凝器。对于同时配有风冷式冷凝器和水冷式冷凝器制冷装置的冷藏集装箱，当冷藏集装箱装载在货舱中时，可启用水冷式冷凝器解决冷藏集装箱的散热问题。但必须注意的是，由于冷藏集装箱的压缩机等散热部件依然在放热，因此在货舱中还需要有一定量的通风散热。为减少对制冷装置冷凝器的腐蚀，制冷装置一般都采用淡水作为冷凝器的冷却水，而淡水本身又由海水进行冷却。
蒸发冷却式。蒸发冷却式的工作原理就是将细小的水雾喷人空气气流中，使水快速蒸发，以吸收汽化散热而使环境温度下降。采用这种方式散热的优点是可大大减小通风量，利用较小的风量可获得较好的冷却效果。由于冷藏集装箱能在潮湿环境中工作，因此采用蒸发冷却式散热对冷藏集装箱而言无任何危害。但采用蒸发冷却式对淡水的耗量较大，船上要有充足的淡水来源。与直接风冷式相比，采用蒸发冷却式，通风冷却所需的空气量可减少一半，即每只冷藏集装箱所需风量是30立方米/分钟。而由于船舶在海上航行时日夜温差较大，因此，通常只有在白天高温时段才需要采用蒸发冷却式；而在夜晚等外界气温较低时，仅采用直接风冷式就可满足货舱的散热问题。
