冷藏集装箱内部的货物堆装方式，对冷藏集装箱内部气流组织的影响较大。由于气流总是向流动阻力最小处流动，因此，要保证冷藏集装箱内部良好的气流组织分布，必须做到：在任何情况下冷藏集装箱内部的货物装载高度都不能超过最高货物装载线，以确保冷藏集装箱内部有足够的回风通道，使气流能顺利地返回到制冷装置。在任何情况下都不能有直接裸露的T形风轨，必须使冷藏集装箱整个底部处于被货物或其他遮盖物覆盖的状态。在货物装载量不足时，在未被货物包装箱覆盖区域，必须用硬板纸等将底部全部覆盖住，使送入冷藏集装箱底部T形风轨的冷风只能从货物装载区向上流动，并从货物内部或表面吹过，带走热量，形成良好的箱内流量循环。
由于果蔬等货物在运送过程中存在呼吸现象，一般多用有透气孔的包装箱装载，因此，在装载果蔬类冷藏货物时，应注意使上下箱的透气孔对齐，从而使冷却空气能从对齐的透气孔穿过，带走货物所释放的热量。对于在运送过程中不产生热量的冷冻货，一般用密封的包装箱包装，由底部T形风轨送入的冷风，仅仅从冷冻货的外部吹过，带走通过箱壁传入的热量，保证货物处于低温状态。
冷藏集装箱在货物装箱前无须进行预冷，除非当从有密封门的冷库中装货时才有必要进行预冷，否则不但造成不必要的能量浪费，而且由于在货物装载过程中，大量外界热湿空气进入冷藏箱内，产生凝水，对货物造成损害。
