当冷藏集装箱用于运输果蔬等易腐食品时，由于果蔬的呼吸作用而产生有害的气体，气体的数量和类型视果蔬品种而定。这些气体若不排出，会导致生理紊乱或加快腐坏（气调冷藏箱除外）。为保证箱内空气质量，冷藏集装箱一般都装有新鲜空气换气风门格栅装置，换气的主要作用是排出冷藏集装箱中货物呼吸作用产生的有害气体。
排气的过程是将冷藏集装箱内货物区的一定量空气排到外部，并从冷藏集装箱外吸入等量空气。换气的工作原理是利用冷藏集装箱制冷装置蒸发器风机所产生的风机前后压差，进行自动换气，即从位于风机吸入端的低压部位吸入外界新鲜空气，而从压力侧排出箱内空气。需交换的空气量由经校准的换气风门格栅的打开程度而定。换气风门不应在冷藏温度-12℃以下的状况下使用，否则进入的空气中带有湿气，则可能会导致结冰，尤其影响与空气输送出口直接相邻的产品，冰块会损伤货物并有可能中断空气流动。
冷藏集装箱的换气量可以根据需要进行调节，不同类型冷藏集装箱的新鲜空气交换设置均有明文规定的指导方法。新鲜空气交换量取决于所运输产品状况以及储存温度，在一定程度上，还取决于包装种类和冷藏集装箱内的堆装方式，新鲜空气交换的数量是以立方米/时表示，通常40英尺的冷藏集装箱换气风门的换气量，可在0~300立方米/时之间，根据需要进行调节。由于换气会增加冷藏集装箱的热负荷，因此在保证货物运送质量的前提下，应尽量减小换气风门开度，减少换气量。按照国际惯例，一般换气量由货物托运人来决定。
