在冻干机中使用最多的制冷压缩机是活塞式、螺杆式制冷压缩机。
活塞式制冷压缩机工艺成熟、效率高，使用温度范围广，适合于多种制冷剂，在中、小型冻干机中应用十分广泛。其缺点是结构复杂；易损件较多；对湿压缩和液滴的冲击较敏感；压缩比大时，容积效率降低很大，因此低温运行时制冷量小；排气温度增高，有时可达130~150℃，从而使润滑油和制冷剂分解；由于是往复运动，报动大。螺杆式压缩机则相反，结构简单；易损件少；不易产生液击；压缩比大时，容积效率降低小，因而低温工况运行时仍有较大的制拎量；可以用油冷却转子；排气温度可以控制在70一100℃以内；因是回转运动，故振动小且可无级调节冷量；但转子齿形形状复杂，制造精度要求高，需特殊加工设备加工，价格较贵：
应用时制冷量不宜过小。螺杆式制冷压缩机适合于大、中型冻干机中使用。现在冻干机中仍以活塞式居多，但近年螺杆式在大、中型冻干机中逐步增多起来。
