冻干标本、医药品方面冻干能保存食物很早就为人们所知。古代北欧的海盗利用干寒空气的自然条件来干燥和保存食物，就是其中一例。但是，将冻干作为科学技术还是近百年来的事。l890年Altmann在制作标本时，为了防止标本中的物质在有机溶剂中溶解造成不可逆损失，改变过去用有机溶剂脱水的方法，而采用冷冻干燥法冻干了多种器官和组织。他的工作确立了生物标本系统的冻干程序，这是冻
干在制作生物标本中的最早应用。
1909年Shackell将冻干引入细菌学和血清学领域。他采用盐冰预冻，在真空状态下用硫酸作吸水剂，对补体、抗毒素、狂犬病毒、免疫血清、肉和血液等进行冻干，其设备虽十分简陋，但却是后世先进冻干机的雏形。他在研究与开发生物制品、蛋白质的冷冻干燥技术方面开创了一个新纪元。
1912年Carrel首先提出用冻干技术为外科移植保存组织。
此后，许多学者为发展冷冻干燥技术进行了大量的研究和试验，但由于未能很好地掌握低温同真空度以及有效地控制加热等的相互关系，冻干技术没有长足的进步，仍然停留在实验研究阶段。直到1935~1936年间，Flosdorf和Greaves等分别研制了比较完善的冻干仪器和设餐，才使冻干生物制品技术由实验室走向工业化大生产。当时，正值第二次世界大战，需要大量制备干的人血浆和青霉素，因而使冻干生产得到迅速发展。例如，美国冻干血浆产量达每周100000单位。
Flosdorf及其同事根据前人的经验，总结了三种冻干方法：
Lyophile法，即用冷阱来捕集升华水蒸气；Cryochem法，即用硫酸钙等便宜的吸水剂来捕集升华水蒸气；Desivac法，即用抽气机抽除升华水蒸气。Greaves的贡献，是开发了立式旋冻机和离心真空干燥法，使制品在直立旋转状态下冻结，而后干燥，因升华界面
面积大且不起泡，保证了制品的质量，也提高了干燥速率。因此， Flosdorf和Greaves是冻干技术由实验室转向工业化大生产的奠基人。
到20世纪70年代，冻干理论和设备的研究已逐步趋于完善。
当时先进的冻干机已能满足正常医药冻干所需的各项功能和进行自动程序生产。20世纪80年代初，各国医药行业纷纷贯彻GMP
（医药制造管理和品质管理规则），将“过程检验”引人冻干生产，各厂商竞争的焦点变为产品的安全性、生产的可靠性、生产过程的重复再现性，从而推动医药冻干技术的进一步发展。
在我国，1949年以前只在实验室用小型冻干装置进行冻干试验。1950年，大连生物所用简易冻干装置生产了破伤风抗毒素、气性坏疽抗毒素等。1951年军事医学科学院王克勤等研制了小型冻干机，生产了冻干动物和人的血浆。第二次世界大战结束后，联合国教济总署曾赠送两台美国Stokes公司生产的冻干机给中国，安装在武汉和北京两个生物制品研究所，参照该冻干机，1951
~1953年武汉生物所陈畴等设计，上海合众机器厂等制造成功搁板面积92的冻干机，此冻干机是我国自制较大型冻干设备的开始，随后在各生物制品研究所和各兽药厂开始批量生产冻干医药品。
20世纪70年代中期，我国已制成自行设计的大、中、小型医药冻干机。经过几十年的实践应用，冻干技术不断改进，现已成为一门成熟的技术了。特别是1998年GMP发布以后，在冻干机制造厂和使用厂掀起了贯彻GMP的热潮，使医药冻干生产在更高层次上迅速发展。
