微生物容易引起食品的变质，冷库消毒是指消灭冷库中的微生物。霉菌和致病菌不同，它本身是无害的，也不产生毒素，但是生了霉菌后严重地损害了商品的外观，并促进了肉类、蛋品的霉烂变质。霉菌生长以后，肉眼都可以看到，所以除霉工作比消毒工作更受到企业单位的重视。常见的消毒除霉方法有机械方法、物理方法和化学方法。
1. 机械方法
空气洗涤法。在进风口处装一喷水器，空气在循环时通过水幕而将霉菌的孢子洗去，这种方法就像现在的湿式冷风机一样，可以起到减少霉菌的效果。
2. 物理方法
温度控制法。霉菌生长的温度一般在-6℃~40℃之间，因此在冻结物冷藏库中很少看到霉菌的生长，在温度方面的控制可以有限制地使用。
紫外光照射法。紫外线具有杀菌、除霉、除臭三种效果，每立方米1瓦紫外线光等配备，每昼夜平均照射3小时。紫外光的作用受温度和湿度的影响较大，越接近微生物生长的正常温度，湿度越高，杀菌除霉的能力也越强。
铜丝网过滤法。在进风口处装置一个铜丝做的网子，可以杀灭一部分霉菌。
3.化学方法
常见的化学方法包括化学试剂气体消毒除霉和化学试剂粉刷消毒除霉。
化学试剂气体消毒除霉包括二氧化碳法、臭氧法、乳酸法、甲醛法。
二氧化碳法。二氧化碳在任何浓度下都不能杀死霉菌，只能延缓霉菌的生长。一般认为，在0℃下，室内二氧化碳的浓度为10%时，可以把冷却肉的冷却保鲜期延长一倍以上。
臭氧法。臭氧具有杀菌、除霉、除臭三重功效，将臭氧引入冷库内，浓度为1~3毫克/立方米即可。但是臭氧能使瘦肉变色和脂肪氧化，同时臭氧对人的粘膜有刺激，所以采用时应该注意。
乳酸法。乳酸法既能除霉、杀菌，也能除臭。先将库房出清，每立方米容积用1毫升粗制乳酸，每份乳酸再加1~2份清水，将混合液放在搪瓷盆内，置于电炉上加热蒸发，一般要求将药液控制在0.5~3小时蒸发完。然后关闭电炉，密闭库门6~24小时，使乳酸充分与细菌或霉菌作用，以期达到消毒的目的。
甲醛法。福尔马林蒸汽既能除霉也能灭菌，但气味很大，会影响肉的品质，且对人体有害。使用时应先把库出空，将福尔马林放在密闭桶内用管子通入冷库，下面用火烧；或者将福尔马林放在开口桶中置于冷库内，放入适量高锰酸钾或生石灰，再加些水，待产生气体时，人员外出闭好库门。用福尔马林蒸汽消毒几小时后，再用氨水放在库内吸收福尔马林气味，再通风除去气味。一般每立方米容积使用15毫升福尔马林。
粉刷化学试剂。①粉刷漂白粉。用4%漂白粉溶液进行洗刷消毒，效果很好。如果在5份漂白粉中加入7份石碱效果更好。消毒几小时后进行通风排气。②粉刷氟化钠。用2折氟化钠和2%高岭土混合粉刷墙壁，在0℃下可以1~2年不生霉。③粉刷羟基联苯酚钠。用2%羟基联苯酚钠溶液涂刷除霉。使用这种方法，气味既不会传染到肉上，也不会腐蚀器皿，但在涂布时要做好防护措施。
