冷链物流不同于普通物流，其硬件水平和货物运作要求较普通货物具有较强的刚性要求，对于信息化的配置和运营人员的管理水平、应急处理能力都有较高的要求。我国整体物流信息化水平较低，而冷链运输行业的信息化现状更是不容乐观。运营人员大多数是从普通物流转变而来，不仅对产品特性不熟悉，而且对于冷链物流的运营要求掌握程度更低。
目前，训练有素的冷藏物流供应链管理和操作人员严重缺乏，先进的全程冷藏控温运行管理制度尚未建立，导致各个环节信息阻塞，冷冻类产品在运输途中风险增多。库内码垛搬运主要靠人力，劳动强度大，工作效率低。
国外冷冻食品多为小包装食品，规格整齐，库内码垛搬运全部机械化，绝大部分货物放置在带框架或不带框架的标准托盘上，用电瓶叉车运输或提货。
有的库房还设置固定的或可移动的钢制货架以堆放托盘，也有少数库内用吊车吊装堆放集装箱或用电子计算机控制进出货的巷道运输机把货物放到固定货架上，房屋高度可达16米以上，库内基本上不需要工人进去，每小时可进出货物数十吨。在这一方面国内相对差很多。物流业整体管理水平不高，不同程度地存在市场定位不准确、服务产品不合格、内部结构不合理及运作经营不规范等问题，影响冷链物流业的健康发展。
由于缺乏对冷链物流的正确认识以及降低成本的考虑，冷链中经常出现“断链”现象。例如，从农场到批发市场，新鲜果蔬通常未能做到预冷处理；在初级加工和分拣区没有低温制冷环境；通常一台标准冷冻车，经过规定时间之后就必须进行一次大修，不少企业为了避免大修和减少油耗，选择了
“偷工”，货车从起点出发后，只有一头一尾的冷机是开启的，中间则被关闭，这样的运输显然不能保证所运输货物的温度环境。
