食品真空冷冻干燥工艺流程大致如下:原料→冻干预处理→冷冻干燥→包装贮藏等。其中冻结和干燥两个过程是整个工艺的重点。由于食品种类、品种、预处理方式、冻结快慢、含水率及冻干机性能等多种因素影响，目前还没有一种通用的工艺流程。
(1)原料 首先要选择优质的食品原料进行冻结干燥，这是获得高质量冻结干燥产品的前提。
(2)冻干预处理 指冻结前对食品进行必要的物理、化学处理，如清洗、分级、切分、粉碎、烫漂、杀菌、添加抗氧化剂、浓缩等。食品原料不同，预处理的内容也不相同。
(3)冷冻干燥 冷冻干燥阶段包括冻结、升华干燥和解吸干燥。
(4)包装贮藏经过冷冻干燥的食品含水率很低，其多孔疏松结构极易吸湿和氧化，所以一定要进行包装。一般要求包装材料安全、无毒副作用、不吸湿、不透气、能遮光、有一定的机械强度，能满足机械充填、密封要求，并易于贮运和使用。
经过包装的冷冻干燥食品，在条件允许的情况下，尽可能放置于低温环境中贮藏。如果贮藏温度偏高，极易出现结块、变色、塌陷等现象，从而影响贮藏期。
