无论是水冷活塞式盐水机组还是水冷螺杆盐水机组，是不同浓度的盐水，而且应用温区不同，因此在设计、应用和选型中有些需要特别注意的问题：
1)机组蒸发器设计时，必须考虑所适用的载冷剂的换热特性和腐蚀特性，蒸发器的换热性能和耐蚀性要和所适用的载冷剂相匹配，并且要考虑一定的腐蚀余量。
2)载冷剂的选择。不同的载冷剂的化学成分和浓度不同，因此首先应根据腐蚀、卫生等条件选用经济合理的载冷剂化学成分，其次要根据所需的最低制冷温度配置适当浓度的载冷剂。载冷剂浓度过高容易造成载冷剂输送泵功率大，载冷剂初投资大;载冷剂浓度偏低，则燕发器冻结风险大。载冷剂选择好后，应当咨询盐水机组制造厂家提供的盐水机组的蒸发器是否按所选载冷剂的腐蚀性和换热特性设计。
3)选择适当容量和温区的盐水机组。盐水机组是按照一定温区设计的，即使是同一型号的压缩机应用于不同温区的盐水机组，其蒸发器等系统元件匹配也不相同，当实际运行温区长期高于设计温区时，容易造成吸气温度过高而使压缩机电动机过热;当实际运行温区长期低于设计温区时，一方面机组的实际温度达不到要求的温度，另一方面容易造成回油困难而导致压缩机润滑失效。
4)制冷机组是否要适应变温区或能最调节运行。当希望同一台盐水机组能运行于不同温区或具有能量调节功能时，往往需要制造厂家对盐水机组进行特别设计，以确保机组能安全可靠地运行。
5)运行中注意检测盐水浓度和pH值。盐水机组系统在实际运行中随着时间的变化盐水浓度往往会降低，如果不及时检测盐水浓度，就存在冻结盐水系统的危险;而盐水pH值的变化则会影响管路系统的腐蚀。
6)注意观察机组润滑油回油和排气温度的变化。
