水路运输的主要工具是冷藏集装箱和冷藏船。
利用低温运输易腐货物的船只称为冷藏船。冷藏船主要用于渔业，尤其是远洋渔业。远洋渔业的作业时间很长，有时长达半年以上，必须用冷藏船将捕获物及时冷冻加工和冷藏。此外由海路运输易腐食品也必须用冷藏船。冷藏船运输是所有运输方式中成本最低的，但是在过去，由于冷藏船运输的速度很慢，而且受气候影响，运输时间长，装卸很麻烦，因而使用受到限制。现在随着冷藏船技术性能的提高，船速加快，运输批量加大，装卸集装箱化，冷藏船运输量逐年增加，成为国际易腐食品贸易中主要的运输工具。
冷藏船分为两种类型:渔业冷藏船和运输冷藏船。
运输冷藏船包括集装箱船，主要用于运输易腐食品和货物。它的隔热保温要求很严格，温度波动不超过±0. 5℃。冷藏船按发动机型式可分为内燃机船和蒸汽机船，目前趋向于采用内燃机作为驱动动力，其排水量海船从2 000t到20 000t，而内河船从400t到1 000t。
冷藏船上货物堆放在船体货舱(水下部分)和隔仓(水上部分)中，水下舱四周接触海水，而水上舱必须遮蔽，以减少太阳照射所传入的热量。当货舱高度约3.5m和隔仓高度2.5m时，其所具有的总容积从1000-6 500m³。目前，冷藏船的货物容积有增大的趋向，有的达到25 000m³。
冷藏船上一般都装有制冷装置，船舱隔热保温，多采用氨或氛利昂制冷系统，制冷剂主要是NH₃ 、R22和R₅₀₂。冷却方式主要是冷风冷却，也可以向循环空气系统不断注入少量液氮，还可以用一次性注入干冰或液氮等方式进行冷却。
制冷机房设置在隔仓间或在主机间，氨制冷机多半设置在隔仓，这里通风良好，当发生事故时，人们逃离方便。氟利昂制冷机组设置在主机间。为了防止氨系统发生事故时，氨气向其他房间散发，氨制冷系统应设置在单独的房间内。冷间的降温是通过不同温度的盐水系统来完成。
运输冷藏船的冷藏容积在3 500m³时，制冷机组的制冷量为4.7X102kW，而对于同容积的渔业船来说，如果带有冻结装置，则要求制冷量更大，如冻结量为50t/昼夜时，则制冷量高达1.2 X 10³kW。当冷藏温度越低时，所需的制冷量越大。
