电子水垢处理仪是近年来被广泛应用于冷却水系统中对水质进行处理的高科技产品，它的基本工作原理如下：
1)电子水垢处理仪是通过对流经处理仪的水施加高频电磁场，使其物理结构和物理性质发生变化，来实现防垢、除垢、杀菌、灭藻、防腐等功能。
2)水在高频电磁场的作用下，原来缔合成链状的大分子断裂成单个水分子，使其活性大大增强，溶解在水中的盐类的正、负离子被单个水分子包围，运动速度降低，有效碰撞次数减少，在管壁上无法成垢，从而达到防垢的目的。
3)对于已经在管壁上形成的老的垢层，其主要成分是垢分子(CaCO₃ 、CaSO₄等)，通过分子间的作用力结合在一起，以网状结构附着在管道内壁上。而通过高频电磁场作用后，水分子的偶极距增大，极性增强，水分子处于较高的能量状态。它能有效消弱垢分子间的作用力及其与管壁的附着力，使垢层逐渐软化、龟裂，在水流的冲刷下从管壁上脱落，起到除垢作用。
高频电磁场除可破坏垢层结构外，还可在水体中激发出大量的自由电子，能有效防止管道内壁的金属原子失去电子被氧化，并能有效地破坏引起管道腐蚀的微电池效应，从而起到防止管道氧化和腐蚀的作用。
另外，电子水垢处理仪的高频电场还能使水中产生一定量的活性氧，如超氧阴离子自由基(O₂)¯过氧化氢H₂O₂，羟基自由基OH¯及臭氧O₃，这些物质对水中的细菌、藻类有极强的破坏能力，因此电子水处理仪还具有显著的杀菌、灭藻的功效。
