冷藏集装箱的主要制冷方式有：水冰制冷、干冰制冷、液氮制冷、冷冻板制冷、机械制冷和气调六种。
1.水冰制冷冷藏集装箱
水冰制冷冷藏集装箱主要用于低温货物的运输，运输温度在0℃以上，这种集装箱不能调节箱内湿度，只适用于短距离运输。其优点是造价低，不易出现故障；但是水冰制冷冷藏集装箱保温时间较短，运送的货物需要防水包装，融解的液体易腐蚀箱体和货物。另外如不安装强制循环风扇，箱内温度不均匀。
2.干冰制冷冷藏集装箱
干冰制冷冷藏集装箱主要用于低温货物和冻结货物的运输，运输温度在-20℃以上；因干冰蒸发形成气体故可以适当降低箱内湿度。它适合近距离运送货物，价格便宜、不易出现故障。但干冰式集装箱保温时间较短，冷源不易获得，并且箱内温度不均匀。
3.液氮制冷冷藏集装箱
液氮制冷与干冰制冷冷藏集装箱的特点基本相同，但采用液氮制冷的集装箱内温度较为均匀，适合运送冻结货物。
4.冷冻板制冷冷藏集装箱
这种冷藏集装箱主要用于低温货物和冻结货物的运输，运输温度在-20℃以上；由于冷冻板制冷时间较长，它适用于中距离的运输。但冷冻板充冷所需时间较长，影响了运输的效率，并且冷冻板一经安装就不能拆卸，所以这种集装箱低温、冷冻不能兼用。
5.机械制冷冷藏集装箱
利用制冷机制冷的集装箱是运输效果最好的一种。它可以将箱内温度长期、稳定地控制在-20℃以下，适合货物的长距离运输。制冷机制冷的集装箱箱内温度均匀、湿度低，非常有利于货物的运输，但这种集装箱造价较高，故障较多，修理技术要求较高，并且制冷设备重量较大，增加了运输的成本。
6.气调集装箱
气调集装箱是调节集装箱内空气成分，将液态氮气充入容器中气化，以降低箱内氧气的含量，控制水果蔬菜的呼吸作用和防止肉类脱水与氧化以延长运送时间的技术。气调集装箱是在原有制冷机集装箱的基础上加装气调设备和装货间，气调设备由氧感应器、调节器和液氮罐组成。
