(1)预冻速率。预冻速率对物料的品质有一定的影响。快速冷冻对生物细胞影响较小，缓慢冷冻对生物细胞影响较大；快速冷冻形成的冰晶较小，对升华不利，但干燥后溶解快，慢速冷冻形成的冰品较大，对升华有利，但干燥后溶解慢；所以要寻找一个最佳预冻速率，以得到较高的存活率和较好的物理性状以及较快的溶解速度，并对干燥过程中的升华有利。
(2)预冻的最低温度。它一般根据物料的共熔点来决定，即预冻温度应低于共熔点温度5-10℃，而共熔点温度的测定方法较多，如电阻检测法、差热分析仪扫描法、低温显微镜直接观察法、数学公式理论推算法等。由于电阻检测法方便可行，日前应用较多。
(3)预冻时间。冻干机不同，总装量不同，物料与隔板之间接触不同，预冻的时间也不同，预冻时间一般由实验来确定，但必须保证在抽真空之前物料的所有部分都被冻实。
