食品冻结后水变成冰形成了一个稳定的固体骨架，当冷冻干燥后冰晶升华，使固体骨架基本维持不变。因此，冻干食品的收缩率远远低于其他干制品，能够保持新鲜食品的形态。冻干食品由于脱水较彻底，包装适当.不加任何防腐剂，对储存时的环境温度没有特别要求，即在常温下可安全地储存较长的时间，因此，在储存、销售等经常性费用方面远远低于冷冻食品。
冻干食品冰晶升华后，溶于水中的无机盐等溶解物就地析出，避免了用一般干燥法时由于食品内部水分向表面迁移，使之携带的无机盐等成分在表面析出的问题。因此，冻干食品无表面硬化问题。
食品在冷冻干燥时，由于低温，各种化学反应速率较低，故食品中各种色素分解造成的褪色、酶及氨基酸引起的褐变几乎不会发生。所以，冻干食品不需添加任何色素，最大限度地保留了食品的原有色泽。食品在冷冻干燥时，由于低温，成分挥发性低，且无氧化反应，故无异味产生。冷冻干燥后食品中的芳香成分浓度相对增加，所以，冻干食品风味不变，香气更加浓郁。
由于食品冻结后要进行冷冻干燥，食品内的细小冰品在升华后将留下大量空穴，呈多孔海绵状，在复水时能迅速渗入并与干物料充分接触，可使冻干食品在几分钟甚至数十秒内完全复水，因而最大限度地保留了新鲜食品的色、香、味。所以，冻干食品其有极强的复水性能，是高质量的速食方便食品。由于食品的冷冻干燥在低温及高真空度下进行，避免了食品中热敏性成分的破坏和易氧化成分的氧化。所以，冻干食品的营养成分和生理活性成分损失率最低，这是某些功能性食品采用冻干食品为基料的主要原因。
但是，冻干食品一旦暴露于空气中容易吸湿潮气，故包装材料要绝对隔湿防潮。冻干食品表面积与其体积之比的比表面积较大，在储存期间食品中的脂肪容易氧化造成脂肪酸败。所以，冻干食品要采用真空包装，最好充氮包装。冻干食品一般所占体积相对较大，不利于包装、运输和销售，所以常被压缩之后再包装。冻干食品因具有多孔海绵状疏松结构，在运输、销售中易破碎及粉末化，所以，对不便压缩包装的冻干食品，应采用有保护作用的包装材料或形式，冻干食品的生产需要低温快速冻结制冷设备和高真空设备等，且冷冻干燥时间一般较长，所以，导致投资费用较大，生产成本较高。但随着冻干技术的提高，冻干设备的国产化，冻干食品的生产成本将会降低。
