禽蛋在冷却前必须经过严格的挑选、检查和分级，挑出对长期保藏有影响的次劣蛋。禽蛋的冷却是将鲜蛋由常温状态缓慢地降低到冷藏温度的降温过程。由于鲜蛋蛋体温度与冷藏温度的温差大，如突然接触较低的冷空气，直接送入冷藏间内，会使蛋内容物收缩、体积减小，加快蛋白变稀速度，蛋黄膜的韧性减弱，水分蒸发量增加，同时微生物也会随空气进入蛋内致使鲜蛋逐渐变坏；另外，鲜蛋直接送入冷藏间会使库温波动剧烈，影响库内正在贮藏的鲜蛋品质，因此鲜蛋冷藏前应先进行冷却处理，然后进行低温冷藏。
鲜蛋的冷却应在专用的冷却间进行，也可利用冷藏库的穿堂、过道等。冷却间采用微风速冷风机，以便使室内空气温度均匀一致和加快降温速度。在冷却时，要求冷却温度与蛋体温度相差不大，一般冷却间空气温度应较蛋体温度低2-3℃，每隔1--2h把冷却温度降低1℃，相对湿度为75%~85%，空气流速应为0. 3-0. 5m/s。一般经过24-48h，蛋体温度降到1-3℃，即可停止冷风机降温，将蛋转入冷藏间冷藏。需指出，在母禽下蛋后的48h内，蛋质量下降最快，因此应将刚产下的蛋立即在10℃左右温度冷却10h，可使其质量下降减少到最低限度，然后再包装、运输和冷藏。
禽蛋在冷藏期间，冷藏温度以低于0℃为好，这样有利于保持蛋的品质。如果温度过低会使蛋内容物冻结而膨胀，使蛋壳冻裂而损伤。可采用下列两种方式冷藏禽蛋：温度为-1.5~0℃，相对涅度为80%-85 %，冷藏期为4-6个月；温度为-1.5~2.5℃，相对湿度为85%-90%，冷藏期为6~8个月。在禽蛋冷藏期间，库温应保持稳定均匀，在24h内波动不超过±0.5℃，以免影响蛋品质量。
禽蛋在冷藏期间随着酶的活性降低、微生物的生长繁殖及各种生化反应的进行，鲜蛋品质逐步下降：物理方面的变化，如质量减轻、气室增大、相对密度减小、浓厚蛋白量减少，蛋黄和蛋白因长期贮藏其含水量接近、冻结点趋于相近；化学方面的变化，如蛋黄和蛋白的碱性增大、含氮量增加、可溶性磷酸量和游离脂肪酸量增加等。另外从微生物方面，危害冷藏中禽蛋的称菌繁殖会使鲜蛋质量严重下降，容易形成溶黄蛋。因此在冷藏过程中，冷藏间的卫生条件、通风情况对蛋的质量保持十分关键。
