氨制冷系统使用的是天然的氨制冷剂，不会产生温室效应，而氟利昂冷库则会造成严重的温室效应，现在我国正在推行禁氟，一般的大型库是不建议使用氟利昂的,氨制冷系统的造价成本低，氨气制冷剂的价格比氟利昂要低，使用氨气的制冷系统多是使用无缝钢管，而氟利昂制冷系统则需配套相应的铜管。阀件方面氨制冷系统多使用铸造件，而氟利昂制冷系统多使用铜制阀件。氨制冷系统有一定发生爆炸的风险，但是只要严格执行安全制度，风险是可控的;而氟利昂制冷系统发生爆炸的概率几乎为零，但是氟利昂是破坏臭氧层的元凶，在(蒙特利尔议定书)中R22被限定2020年淘汰。
氨有强烈的刺激臭味，所以发生泄漏时很容易被发现，当发生泄漏时，如果处理得当，一般是不会发生爆炸的，氨在常温下不易燃烧，加热至350℃时，分解为氮和氢气，氢气与空气中的氧气混合后会发生爆炸。与空气混合的体积分数在11%~14%时即可燃烧;在16%-25%时遇明火可能爆炸;在0.5%~0.6%时，人在其中停留半小时就会中毒。对于氨气泄漏可以用水雾进行稀释，氨极易溶于水，0℃时每升水能溶解130L氨气。我国很大比例的存最冷库库龄已经长达20-30年，且基本都使用氨制冷机组。这些冷库的制冷管网系统老旧，存在较大的安全隐患,一旦发生泄漏，后果严重。
目前，我国国内的大型冷库主要制冷剂有氟利昂和氨气制冷剂。目前在我国市场上5000万吨以上的冷藏库主要以氨制冷系统为主，5000万吨容最以下的一般是氟利昂制冷系统。因为氨制冷剂价格比较便宜且制冷效率高，故一般用在5 000万吨以上的库体。
