原料清洗多采用水为溶剂，清洗液的温度、种类和pH都会改变清洗效果，一般蔬菜清洗往往选用氯系制冷清洗剂，但会与食品成分反应产生氯化合物，对人体有害，因此必须以其他种类的杀菌剂替代。以下是常用杀菌剂种类。
1.氯化合物类杀菌剂此类杀菌剂以氯为主，在水溶液中形成次氯酸(HOCI），可有效杀死细菌，其反应快速且价格便宜，但对热及有机物不稳定，且容易产生氯化合物残留。影响氯水消毒效果的因素包括：作用时间、温度、浓度和pH等。
2.二氧化氯(CLO₂)此类杀菌剂价格较贵，但在有机物存在时不会影响杀菌活性，主要是以自由基氧化含硫基氨基酸而达到杀菌效果，不会氧化酚类化合物造成变色，也不会形成氯化合物。
3.电解酸性离子水以离子交换膜电解0.5%食盐水在阳极产生的酸性电解清洗剂，包括高活性氧气、氯气、次氯酸及高浓度氢离子，pH约为2.7，氧化还原电位+ 1 100mV，对肠内菌具有良好的杀菌效果。
4.臭氧对水微溶，分解速度快，极不安定，易与有机物结合分解为H₂O和CO₂，但不会产生三卤甲烷有害残物。此类杀菌剂有极强的氧化杀菌特性，主要是破坏细菌细胞膜，因此广泛运用，若选用于蔬菜清洗，则必须配合高压装置，使臭氧有效溶于水中。
5.其他有些蔬果会选用过氧化氢(112q)或有机酸清洗原料，其中有机酸无残留浓度的问题，但过氧化氢则须注意此问题，通常以过氧化氢酶来分解残留过氧化氢，使残留问题得以控制。
