清洗过程中加入杀菌剂，可大幅提高清洗效率，但为了保持原料清洗后仍有良好的价值，并避免杀菌剂成分与有机物反应生成有害的衍生物，引起食品安全的问题，挑选理想杀菌剂须考虑下列因素。
1.对主要的病原菌具杀菌作用。一般杀菌对象包括细菌、霉菌及酵母菌，对蔬菜中常见的病原菌，如单核细胞增生李斯特菌( Listeria monocytogenes )、金黄色葡萄球菌及大肠杆菌O157等应具有杀菌作用。
2.安全性高。许多洗涤力强的杀菌剂，如季铵盐类，并不适用蔬菜的清洗，主要原因是可能造成安全上的问题，如致癌问题。
3.不受有机物影响。由于蔬菜原料含有机物质量相当高，因此所选用的杀菌剂不能因有机物存在而快速分解，造成无法有效发挥清洗效果。
4.无有害物质残留。选用的杀菌剂除了容易使用外，最重要的是不能残留有害物质，有些杀菌剂与有机物质作用后，会产生卤化物形式的残留，将可能造成食品安全问题。
5.不会影响产品品质。清洗消毒除了能有效降低微生物危害外，还要使产品组织和色泽必须保持自然，更不能有杀菌剂的味道而影响到产品风味。
