利用微波杀菌已应用于食品制冷保鲜工业生产，如蘑菇小包装、熟食品蔬菜、饮料小包装、方便食品，用微波对啤酒采用中高功率杀菌后，菌落总数小于14个/mL，大肠菌群未检出，都符合GB 4927-1985(菌落总数和大肠菌群数分别小于50个/mL和3个/mL)。对月饼的霉菌经微波照射30s，温度仅升高54.41，根本达不到霉菌的热致死点(一般霉菌的热致死点为62.5℃)，但对霉菌的杀灭率已达70%，这说明微波杀菌有非热效应存在，实验证实经微波照射2min，对曲霉的杀灭率达100%，对青霉的杀灭率达99.99%，同时，微波具有作用时间短、升温快和杀菌效果好的优点，利用微波对鱼丸、鱼片、熏鱼、酱油、香肠、牛肉干、火腿及糕点等数十种物料进行处理，证实微波对食品灭菌具有一定的非热作用。还发现酱油经微波处理后，可抑制霉菌的生长及杀灭肠道致病菌，但对氨基酸态氮无破坏作用。
此外，用微波对牛奶杀菌消毒后，细菌和大肠杆菌数完全达到卫生标准要求，不仅营养成分保持不变，而且脂肪球直径变小，提高了产品的稳定性，有利于人体消化和吸收。
对食品包装用纸消毒，如用微波对质量3掩、体积为15cm×12cm × 25cm的冰棍纸和60g糖纸杀菌，仅用5s即能杀灭包括纸面表层的微生物，无菌实验也证明效果是好的。
另外，微波和紫外线有协同杀菌作用，其作用明显优于单独采用微波杀菌或紫外线杀菌的作用。
