冷库的库房是进行食品冷加工和长期存放食品的地方，库房的卫生管理工作是整个冷库卫生管理的中心环节。在冷库的库房内，霉菌比细菌繁殖得更快些，并极易侵害食品。因此，在冷库库房的内墙水泥墙壁和顶棚上应尽量粉刷抗霉剂，并尽可能进行不定期的消毒工作。库房运货用的手推车以及其他载货设备也能成为微生物污染食品的媒介，因为这些设备表面常常残留着食品等有机物质，如果不注意卫生工作，就很容易为微生物的生长繁殖创造条件。在堆放食品的垫木、托板或地板上，每平方厘米有10万个甚至100万个微生物时，即说明已经大量污染。因此,冷库的运输工具和设备必须随时随地保持清洁卫生。库内冷藏的食品，不论是否有包装，都要堆放在垫木上。垫木应刨光，并经常保持清洁。垫木、小推车及其他设备，要定期在库外冲洗、消毒、晒干。清洗时可先用热水冲洗，并用质量分数29%的碱水(50℃)除油污，然后用含有效氯0.3%~0.4%(质量分数)的漂白粉溶液消毒。产品加工用的一切设备，如铁盘、挂钩、塑料桶及工作台等，在使用前后都应用清水冲洗干净，必要时还应用热碱水消毒。冷库内使用的挂钩要考虑镀锌处理，以免生锈污染食品。
冷库内的走道和楼梯要经常清扫，特别在出人库时，对地坪上的碎肉等残留物要及时清扫，以免踩实后不易清理。
