化学清洗是通过化学药剂的化学作用，使被清洗设备和管道中的沉积物溶解、疏松、脱落或剥离的清洗方法。一般来说，化学清洗不仅能去除系统中的油污，而且能消除各种结垢物、金属腐蚀物和生物粘泥。为了减少化学清洗剂的用量，前述的物理清洗也是系统清洗不可缺少的一环，尤其是在泥沙、污物沉积较多的情况下，先用水冲洗一遍是很有必要的。
化学清洗的优点是：沉积物能够彻底清除，清洗效果好；可以进行不停机清洗，使中央空调系统照常供冷或供暖；清洗操作比较简单。存在的缺点是：易对设备和管道产生腐蚀；产生的清洗废液易造成二次污染；清洗费用相对较高。
