舒适性用途的中央空调系统由于受使用时间和气候的影响，其运行是间歇性的。当不需要继续使用或要定期保养维修或冷冻水供水温度低于设定值而停止冷水机组制冷运行时，为正常停机；因冷水机组某部分出现故障而引起保护装置动作的停机为故障停机。到停用时间（如写字楼下班、商场关门等）需要停机或要进行定期保养维修需要停机或其他非故障性的人为主动停机，通常都是采用手动操作；冷冻水供水温度低于设定值和因故障或其他原因使某些参数超过保护性安全极限而引起的保护停机，则由冷水机组白动操作完成。
一般来说，空调用水冷冷水机组及其水系统的停机操作顺序是其启动操作顺序的逆过程，即冷水机组→冷却水泵→冷却塔→冷冻水泵→空气处理装置。需要引起注意的是，冷水机组压缩机与冷却水泵的停机间隔时间，应能保证进入冷凝器内的高温高压气体制冷剂全部冷凝为液体，且最好全部进入贮液器；而冷水机组压缩机与冷冻水泵的停机间隔时间，应能保证蒸发器内的液态制冷剂全部气化且变成过热气体，以防冻管事故发生。
