由于冷藏集装箱总是处于运动之中，因此冷藏集装箱必须十分坚固，能经受恶劣的运输条件。要保证整个运输过程的安全性和运输食品的品质，制冷系统必须满足以下要求：
（1）实现加热、冷却和除霜全自动控制，实现远程监控，减少人力在整个过程中的消耗；
（2）实现动力的多元化，增加制冷系统的灵活度，制冷系统既可独立驱动，又可接外部电源；
（3）根据所装载食品的要求，可以在一定范围内调整温度，温度偏差小，最好能在运输过程中实现“3T”监控；
（4）制冷系统结构结实，耐冲击强度高，抗震动性能好，在运输中不会发生泄漏或断裂；
（5）能够实现换气，换气系统可为每立方米冷藏集装箱提供50m3/h左右的新鲜空气；
（6）箱体内的空气相对湿度能控制在85%~95%，减少食品运输过程的干耗。
就制冷系统而言，冷藏集装箱相当于小型冷藏库的一个单间或组装式冷藏库，多为风冷冷凝机组，采用直接吹风冷却，箱体内的温度调节范围较大，一般可保持在-18~-12℃。
