产品包装箱的设计和堆放形式是提高水预冷系统的运作效率的重要因素，会影响冷却过程中的热交换。
许多产品包装在水预冷系统中取得了很好的效果。如果冷却过程在包装前进行，产品常被放置于塑料筐和大箱子内。若包装后再冷却，包装可以使用木箱、打蜡纸箱和网眼塑胶袋等。
包装后产品的堆放必须预留空间，使得冷水能够进入产品包装箱内。如果冷水只是流经包装箱外部而无法进入包装箱内，不仅耗费时间长，而且冷却效果不佳。顶部封闭的纸板箱内的产品最难被冷却，除非在箱子的顶部和底部开口，使冷却水可以流通。不论选择哪种方式，堆放的产品或包装箱之间都必须留有空间，使冷水能够接触到所有产品。
