冷库的库房是进行食品冷加工和长期存放食品的地方，因而对库房的卫生管理是整个冷库管理的中心环节。
空气本身虽然不是微生物发育的适宜环境，但由于空气不断地流动，常能带动和散布大量的尘埃和微生物的孢子，因而在冷库内通风道的木板表面上、排管上的霜层中和库房的死角处都会污染大量的微生物，必须经常进行消毒。空气通过空气冷却器时，可以除去空气中的尘埃和微生物孢子数量的60%~80%。这样微生物孢子就可能附着在空气冷却器的霜层上或湿式空气冷却器的盐水中。为了控制微生物的污染，必须对空气冷却器进行定期的清扫和消毒。在冷库的库房内，霉菌较其他微生物繁殖得更快些，并极易侵害食品，所以杀灭霉菌是库房卫生工作的首要任务。
冷库常用的消毒方法有物理法和化学法。物理消毒法有热消毒法、紫外线消毒法、电离辐射法、微波法等。最常用是热消毒法和紫外线消毒法。化学消毒法是指利用化学药物杀灭病原微生物的方法。
