包装在速冻之前或之后进行。冻结后的水果体积会有所增加，如加30%和50%浓度的糖浆时体积分别增加8.2%和5.2%，整个的或切碎的草莓分别增加3%和8%。这将使得冻结以后包装的产品散装容量比事先包装的要低。
包装水果的材料应能抵御弱酸、不漏液体：对趋向褐变和失去香味的水果，特别需要能隔绝空气。可采用这样的包装：内包装用耐低温、透气性低、不透水、无异味、无毒性、厚度为0.06~0.08mm的聚乙烯袋；外包装用纸箱，每箱净重10kg，纸箱表面必须防潮性能良好，内衬清洁蜡纸，外用胶带纸封口。所有包装材料在包装前须在~10℃以下低温间预冷。有条件的可采用真空包装和装袋。
包装必须保证在-5℃以下低温环境中进行，温度在-4~-1℃以上时速冻水果会发生重结晶现象，品质极大地降低。由于速冻水果是解冻后直接食用的即食食品，卫生要求严格，包装间在包装前1h必须用紫外线灯灭菌，所有包装用工器具，工作人员的工作服、帽、鞋、手均要定时消毒。工作场地及工作人员必须严格执行食品卫生标准，非操作人员不得随意进入，以防止污染，确保卫生。
