加工前食品中存在一定种类和数量的微生物。然而微生物污染食品后，能否导致食品的腐败变质，以及变质的程度和性质如何，受多方面因素的影响。一般来说，食品发生腐败变质，与食品本身的性质、污染微生物的种类和数量以及食品所处的环境等因素有着密切的关系，而它们三者之间又是相互作用、相互影响的。
（1）食品的氢离子浓度 各种食品都具有一定的氢离子浓度。根据食品H范围的特点，可将食品划分为两大类：酸性食品和非酸性食品。一般规定pH在4.5以上者，属于非酸性食品：pH在4.5以下者为酸性食品。微生物都有其最适宜的pH范围，食品中的氢离子浓度可影响菌体细胞膜上电荷的性质，进而影响对物质的吸收能力：改变酶的活力，影响微生物的正常代谢等。因此食品pH的高低是制约微生物生长、影响食品腐败变质的重要因素之一。
大多数细菌最适生长的pH是7.0左右，酵母菌和霉菌生长的pH范围较宽，因而非酸性食品适合于大多数细菌及酵母菌、霉菌的生长；细菌生长下限一般在pH4.5左右，pH3.3~4.0以下时只有个别耐酸细菌，如乳杆菌属尚能生长，故酸性食品的腐败变质主要是酵母菌和霉菌的生长。
（2）食品的渗透压不同微生物种类对渗透压的耐受能力大不相同。绝大多数细菌不能在较高渗透压的食品中生长，只有少数种能在高渗环境中生长。如将微生物置于低渗溶液中，菌体吸收水分发生膨胀，甚至破裂；若置于高渗溶液中，菌体则发生脱水，甚至死亡。
（3）食品的存在状态完好无损的食品，一般不易发生腐败，如没有破碎和伤口的马铃薯、苹果等，可以放置较长时间。如果食品组织溃破或细胞膜碎裂，则易受到微生物的污染而发生腐败变质。
（4）贮藏温度温度是影响微生物生长繁殖最重要的因素之一。在一定温度范围内，机体的代谢活动与生长繁殖随着温度的上升而增强。
（5）贮藏环境的气体成分引起微生物变质的气体很多，一般O₂关系最大，控制O₂可抑制大多数微生物生长，有效延长食品保鲜期。
（6）贮藏湿度水分对维持微生物的正常生命活动是必不可少的。干燥会造成微生物失水、代谢停止以至死亡。不同的微生物对干燥的抵抗力是不一样的，以细菌的芽孢抵抗力为最强，霉菌和酵母菌的孢子也具较强的抵抗力，依次为革兰阳性球菌、酵母菌的营养细胞、霉菌的菌丝。
（7）贮藏的其他环境条件另外环境中是否含有防腐剂、氧化剂、杀菌剂和辐射，污染微生物的数量和种类等，也是影响微生物生长的主要因素。所以保藏食品的过程中，为了防止腐败变质有时采用添加防腐剂、杀菌剂等化学试剂来保藏食品。
