1. 制冷方式
冷藏船下一般都装有制冷装置，船舱隔热保温，多采用氨或氟利昂制冷系统；制冷剂主要是NH₃、R22和R502。冷却方式主要是冷风冷却，也可以向循环空气系统不断注入少量液氮，还可以用一次注入液体二氧化碳或液氮等方式进行冷却，冷却系统应根据冷藏船的用途来选择，运输水果和冷却肉的则采用空气冷却装置；运输冻结食品的则采用盐水系统，盐水管为排管，是用无缝钢管以电焊或气焊焊接而成。
2. 制冷系统
制冷机房设置在隔仓间或在主机间，氮制冷机多半设置在隔仓间，这里通风良好，当发生事故时，人们逃生方便。氟利昂制冷机组设置在主机间，为了防止氨系统发生事故时，氨气向其他房间散发，氨制冷系统应设置在单独的房间内，制冷间的降温通过不同温度的盐水系统来完成。船上的机房较狭小，所以制冷装置要尽可能地紧凑，但又要为维修留下空间。考虑到生产的经济性和在船上安装的快速性问题，为了适应船上的快速安装要求，已越来越多地采用系列化组装部件，其中包括若干特殊结构。环境温度的变化容易引起渗入冷却货舱内的热量的变化，因此必须控制制冷装置的负荷波动，所以，船用制冷装置上一般装有自动能量调节器，以保持货舱温度恒定不变。在运输过程中，为了确保制冷装置连续工作，必须装备备用机器和机组。
（1）渔业冷藏船的制冷系统
渔业冷藏船上配备隧道式冻结装置和其他速冻设备，比如平板冻结装置液体和流态冻结装置等。渔业冷藏船的制冷压缩机大多采用高速多缸、有能量调节功能的短行程的压缩机。目前，螺杆制冷压缩机被广泛应用，由于具有寿命长、运行可靠、制冷量大且可以无级能量调节等特征，适用于冷藏船运输。
冷藏仓容量需要满足冻结和储藏1~2个月的渔获量，冷藏温度需要根据易腐货物的种类调节至最佳温度。比如，冻结水产品时，要求控制在-18℃
以下，并有低温化的趋势。对于某些水产品，一些国家采用-25℃或-0℃冷藏温度甚至更低温度，如金枪鱼要求控制在-60℃~-50℃范围内。如果冷藏舱超过2000立方米，则需要配置两套制冷设备系统，其中一套备用。
冷藏船、冷藏舱应该隔热保温，隔热结构应考虑到金属外壳同支架肋骨和船梁等形成的“冷桥”，一般多采用软木板或碎块软木板为隔热材料，船舷的标准隔热层是由几层涂热沥青的软木板，总厚度为200~240毫米，由两层20毫米木板组成的铺板固定于支柱上，铺板间放有两层羊皮板或油毛毡，支柱用螺栓固定于船身肋骨上。考虑到实际环境温度变化较大，有时气温高达40℃以上，有时又低至-40℃。在设计计算隔热层时，隔热层的传热系数K<0.5瓦/平方米·度。
（2）运输冷藏船的制冷系统
运输冷藏船的冷藏容积在3500立方米时，制冷机组的制冷量为470千瓦，而对于同容积的渔业船来说，如果带有冻结装置，则要求制冷量更大，如冻结量为每昼夜50小时，则制冷量高达1200千瓦，冷藏温度越低时，所需的制冷量越大。以我国198吨拖网渔船制冷系统为例进行介绍。该船为近海捕捞拖网渔船，设有150立方米（约66吨）鱼舱，舱温为±2℃。采用直接盘管冷却和碎冰冷却，用于鱼品保鲜设计的渔船用于拖网作业，每船每天起网3次，每网产量20吨，日产60吨，平均每航次作业11天。制冷装置采用双缸活塞式制冷压缩机，标准制冷情况为32500瓦（R134a），制冷机及辅助设备均装在主机舱内，采用集中控制和远距离温度测量，制冷装置在给定温度下可自动启动、运行、停车。另外，渔船出海时带冰28吨，以备制冷装置发生故障时应急之用。制冷系统由压缩机、分油器、冷凝器、储液器、过滤器、干燥器、供液电磁阀、膨胀阀、蒸发盘管、气液分离器组成。压缩机配用22千瓦的电动机。
随着冷藏集装箱的不断发展以及应用的日益普遍，在我国，冷藏集装箱已成为水路运输的主要方式，逐渐替代运输船冷藏货舱，实现易腐货物的运输。不难预测，冷藏集装箱运输船将成为水上运输的主要工具。
