(一)压力保护
螺杆式制冷压缩机的压力保护主要有高压保护、低压保护、润滑油供给的油压差保护、润滑油过滤器的油压差保护等。各种压力保护自动控制的基本方法与活塞式制冷压缩机的压力保护自动控制相类似。所不同的是润滑油供给的压差控制器的保护，活塞式制冷压缩机是指油泵排出压力与吸气压力之差，而螺杆式制冷压缩机是指油泵排出压力比排气压力高0.2~0.3MPa，以保证向螺杆式制冷压缩机腔内喷油。润滑油过滤器油压差控制器压差调定值为0.1MPa，超过此值时说明过滤器需清洗更换了。
(二)温度保护
螺杆式制冷压缩机的温度保护主要有排气温度保护、油温保护、水温保护等。各种温度保护自动控制的方法也与活塞式制冷压缩机温度保护的方法相类似。所不同的是螺杆式制冷压缩机对油温的要求比较严格，这主要是考虑润滑油的粘度，油的粘度偏高会增加搅动功率损失，油的粘度偏低时又会使密封效果变差，所以对油温的控制，一般要求喷油的温度为4090.当油温超过65℃时，控制油温的温度控制器动作，停止制冷压缩机的工作。使用氨工质的制冷压缩机，推荐油温值为25~55 ℃，使用氟利昂工质的制冷压缩机，推荐油温值为25~45 ℃。由于氟利昂有与润滑油互溶的特性，控制温度应较以氨为工质的低些。
