洁净室中高效过滤器的安装密封，是确保洁净室洁净度的关键因素之一，因此，在洁净室设计时，应该选择先进的密封技术和可靠的密封方法。
(1)接触填料密封 密封用填料有固体密封垫(如氯丁橡胶板、闭孔海绵橡胶板等)和液体密封胶(如硅橡胶、氯丁橡胶、天然橡胶等)。固体密封垫一般采用螺栓螺母机械压紧的密封方法。橡胶板的压缩量一般为30%一50%。液体密封胶是靠填充和粘附方法密封。该密封方法是一般洁净室最常用的密封方法。
(2)液槽刀口密封 在槽形框架中注入一定高度的非牛顿密封液体(如氯异丁烯等)，高效过滤器的刀口插入密封液里，使两侧的空气通路受到阻隔，达到密封目的。这种密封方法可靠性强，过滤器拆装方便，通常应用于5级、4级和更高级别洁净度的洁净室密封。
(3)负压漏泄密封 这种密封方法的原理是正压空间泄漏的污染空气，人为疏导到工作区外的负压空间，确保工作区不受污染。这种密封方法通常用于小规格的洁净室的密封。高效过滤器密封方法的示意图见图44-14。
