通风的目的主要有2个，其一为排除果蔬运输途中释放的过多水气、CO₂及乙烯和其他气体，保证果蔬不受有害气体的伤害；其二为帮助调节车内温度。
机械冷藏车一般有自然通风与强制通风装置，在途中或停站时通风。加冰冷藏车因无强制通风装置，在途中可开启通风口利用车辆与空气的相对运动来通风。在停站时，只能在通风口临时装设风扇进行通风。如通风的目的是为了换气时，则冷藏车的通风在热季及温季要求进入车内的空气温度低于车内温度，热季通风应在夜间或清晨进行。否则不宜通风或须进行空气的预冷。在寒季一般不进行通风，以免冻坏产品。温、寒季为调节温度而通风时，应根据货温确定通风量，外界气温过低时，通风要缓慢，应在白天进行，否则易冻坏产品。外温<-10℃时应停止一切通风。
在采用保温车运输时，在某些情况下，通过通风量的调节，可使运输允许时间满足更长运输距离的要求。
