1.O₂的浓度不适宜反而使果蔬、切花腐烂或缺氧呼吸O₂的浓度过低，由于无氧呼吸，产生异味。如当O₂为1%时，苹果、香蕉、油梨、西红柿等果实会产生酒精味。
在O₂浓度过高(>10%)时会使果蔬的腐烂率增高，有的病害也与氧的浓度有关，当O₂的浓度增加时，苹果的虎皮病逐渐严重。
2. CO₂浓度过高会使果蔬中毒高浓度CO₂会引起果实多种组织褐变，如果心发红，梨产生褐心，香蕉引起中毒。
在CO₂为15%以上时，草莓、香蕉、橙、苹果和其他果品通常都会产生异味，并出现颜色的变化，这种CO₂的中毒又随低温和低氧而加重。
3.需多库房不同的果蔬切花要求有不同的温度和气体成分。因此，各品种应单独存放，因此增加了造价。一般气调库都建成一库多间的结构。
4.气调库比普通冷库投资较高。
