冷库的库房是进行食品冷加工和长期存放食品的地方，库房的卫生管理工作，是整个冷库卫生管理的中心环节。
在库房内，霉菌较细菌繁殖得更快些，并极易侵害食品。因此，库房应进行不定期的消毒工作，运货用的手推车以及其他载货设备也能成为微生物污染食品的媒介，应经常进行清洗和消毒。库内冷藏的食品不论是否有包装，都要堆放在垫木上。垫木应刨光，并保持清洁。垫木、小车以及其他设备，要定期在库外冲洗、消毒。可先用热水冲洗，并用2%浓度的碱水(50℃)除油污，然后用含有效氯0.3%~0.4%的漂白粉溶液消毒。加工用的一切设备，如秤盘、挂钩、工作台等，在使用前后都应用清水冲洗干净，必要时还应用热碱水消毒。冷库内的走道和楼梯要经常清扫，特别是在出入库时，对地坪上的碎肉等残留物要及时清扫，以免污染环境。
